集菌仪和微生物限度检测仪主要都是用作微生物、细菌之类的吸附、检查。二者的区别如下：

　　1、集菌仪是做无菌检测的，微生物限度检测仪是做有菌检测，二者都是薄膜过滤法。

　　2、集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通过集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。集菌仪的作用是检验供试品是否含菌的仪器，配套集菌培养器使用。主要用于注射用无菌制剂的无菌检测，包括抗生素类及含有抑菌成份的药品、大输液、水针剂、灭菌医疗器具、无菌注射用水等。

　　微生物限度检测仪一般采用不锈钢金属材料制成，配有内置或外置隔膜液泵，将供试品注入微生物限度培养器内，通过检验仪自的隔膜液泵负压抽滤，将供试品中微生物截留在滤膜上，用取膜器取出滤膜，转移至配置好的固体培养基上，菌面朝上，平贴。盖上盖子形成封闭的培养盒，置于相应的恒温培养箱内培养并计数。

　　3、价格方面集菌仪相对于微生物限度检测仪较便宜点，微生物限度检测仪比较贵。